As pesquisas desenvolvidas pelos docentes e pesquisadores da FCA se organizam em Centros, Laboratórios e Grupos de Pesquisa. Os projetos envolvem docentes das diferentes áreas das ciências (humanas sociais aplicadas, exatas/tecnológicas e biológicas), reflexo da multidisciplinaridade dos cursos da FCA de graduação (Administração, Administração Pública, Engenharia de Manufatura, Engenharia de Produção, Ciências do Esporte e Nutrição) e de pós graduação da FCA (Administração, Ciências da Nutrição e do Esporte e Metabolismo, Engenharia de Produção e de Manufatura, Interdisciplinar em Ciências Humanas e Sociais).
A atividade de pesquisa está fortemente associada aos programas de pós-graduação na FCA e suas linhas de pesquisa, mas também deriva de grande envolvimento de alunos de iniciação científica, pesquisadores voluntários e de pós-doutorandos. Os projetos de pesquisa são apoiados por órgãos públicos, assim como por empresas privadas e do terceiro setor, gerando conhecimento e inovação.