A Pós-Graduação Stricto Sensu, conforme Regimento Geral dos Programas de Pós-Graduação Stricto Sensu e dos Cursos Lato Sensu, tem como modalidades os Cursos de Mestrado e Doutorado, acadêmicos e profissionais. O Mestrado visa enriquecer a competência científica, docente e profissional, podendo ser considerado como nível terminal de formação acadêmica ou como eventual etapa do Doutorado. Já o Doutorado visa proporcionar formação científica, tecnológica, docente e cultural ampla e aprofundada, desenvolvendo a capacidade de pesquisa independente e original.
A FCA oferece 4 programas de pós-graduação stricto sensu atualmente: Administração, Ciências da Nutrição e do Esporte e Metabolismo, Engenharia de Produção e de Manufatura e Interdisciplinar em Ciências Humanas e Sociais Aplicadas.